Déboires avec Bonaparte
Suite à sa démission, et à cause de son caractère entier, Rouget de Lisle va se voir fermer de nombreuses portes et des ennemis acharnés se dresser contre lui.
Le premier, Carnot, à qui il envoya des courriers accusateurs se déclarant son ennemi, empêcha Claude-Joseph de devenir l'aide de camp de Hoche, son protecteur. Il doit se consacrer à son art, mais cela ne lui suffit pas pour subvenir à ses besoins.
Son frère, Pierre, alors général en Batavie (Hollande), lui transmet une offre émanant de Charles-Frédéric Reinhardt, futur ministre des Relations Extérieures du Consulat. Celui-ci lui offre une sorte d'ambassade auprès de la République Batave, à La Haye. Il doit assurer une liaison permanente entre le ministre français à La Haye et l'ambassadeur de la République Batave à Paris. Il s'agit d'un pays complètement ruiné, auquel le Directoire impose la Constitution de son choix en 1798. Malgré les humiliations, de nombreux Bataves honorent le traité et combattent pour la France.
Rouget de Lisle s'insurge contre le traitement qui leur est infligé. C'est alors qu'il se fait un deuxième ennemi, Napoléon Bonaparte lui-même.
Après que Bonaparte ait renversé le Directoire et soit devenu Premier Consul, Rouget de Lisle lui adresse une lettre des plus audacieuses concernant la Batavie, et s'oppose ouvertement à lui lors d'un entretien orageux. Bonaparte se débarrasse alors de lui en l'envoyant en mission à la Cour d'Espagne, et part en campagne en Egypte sans lui (alors que Rouget de Lisle souhaitait intégrer ses troupes en tant que barde). A son retour d'Egypte, Bonaparte provoque un coup d'Etat le 9 novembre 1799 et s'installe au Palais du Luxembourg.
Le deuxième affront entre les deux hommes va se produire suite à l'implication involontaire de Rouget de Lisle dans les affaires frauduleuses de Joséphine (qui se fait de l'argent sur les marchandises destinées à l'Armée). Rouget tente de se disculper auprès de Napoléon et implique Joséphine, ce qui déclenche la fureur de Napoléon qui avait eu vent de ces histoires mais souhaitait les étouffer. Il se ferme ainsi toutes les portes, et Bonaparte va s'acharner contre lui, ne lui permettant jamais d'accéder à une situation décente.
En 1803, de Lisle souhaite s'exiler, espérant trouver un refuge ailleurs qu'en France où il n'a aucun avenir, mais Napoléon lui refuse le passeport, et son frère, Louis Bonaparte, alors roi de Hollande l'empêche de rejoindre son frère là-bas.
Les petits métiers se succèdent (copiste, traducteur d'anglais, journaliste?), et les dettes s'accumulent. Cela n'empêche cependant pas Rouget de Lisle d'adresser une nouvelle lettre insolente à Bonaparte sur sa politique, les conditions de vie des français, les crimes et destructions engendrées.
Cette fois-ci, Napoléon se venge en bannissant le chef d'oeuvre de Rouget de Lisle, la Marseillaise.
